Franco Nembrini è stato presidente della Federazione Opere Educative, l’associazione di scuole libere legata alla Compagnia delle Opere, dal 1999 al 2006. Ha fatto parte del Consiglio nazionale della scuola cattolica e della Consulta nazionale di pastorale scolastica della CEI, nonché della Commissione per la parità scolastica del ministero dell’Istruzione. Dal 2008 al 2011 è stato responsabile degli insegnanti e degli studenti medi superiori del movimento di Comunione e Liberazione, e fino all’estate 2015 rettore del centro scolastico La Traccia (Bergamo) da lui fondato.